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近年になって不登校と発達障害との関連が指摘されてきている。2022年文部科学省は、通常学級に在籍する小中学生の8.8％に学習面や行動面で著しい困難を示す発達障害の可能性があることを発表した。学年が上がるにつれ減少傾向にあり、高校生では2.2％という結果であった。発達障害の特性によって、進路の幅が狭まることや不登校になる可能性が高まることは社会的に重要な問題である。
高校は，義務教育とは異なり、生徒の希望に合わせて進路を選択することができる反面、個人の能力が問われることとなる。発達障害がある中学生の進路先として約75.7％が高校に進学しており，進学先を課程別でみていくと定時制高校と通信制高校で高い割合を占めていたことが報告されている（国立特別支援教育総合研究所，2014）。さらに，全国高等学校定時制通信制教育振興会（2018）の調査では，高校の定時制・通信制課程に在籍する生徒の実態として、「小・中学校及び前籍校における不登校経験がある生徒」の占める割合は47.8％と高かった。全国障害学生支援センターは2023年3月、「大学における障害学生の受け入れ状況に関する調査2022」の結果を発表した。調査対象となった大学819校のうち241校の大学が、「発達障害の学生が在籍している」と回答した。発達障害を持つ学生数は1大学あたり14人という結果であった。文部科学省が公表した「令和3年度学校基本調査（確定値）」における、2022年度の大学進学率が56.6％であることを踏まえると、発達障害がある学生の大学進学率は、極めて低いことがわかる。発達障害生徒が不登校の状態へとなった経緯を聴取した調査では、LDでは「学習の遅れ」「コミュニケーションの取れなさ」が多く挙がった。ADHDでは、「不注意・衝動性・多動性の問題」「授業がわからない」が多く挙がった。ASDでは、「対人関係のトラブル」「コミュニケーションの取れなさ」「こだわり」が多く挙がった。障害種ごとに、障害本来の症状が不登校に多く結びついていた。（加茂・東條，2008）この結果は、学校で障害本来の症状を十分に理解されずに、教員が不適切な対応を繰り返してしまい、生徒が不登校になる可能性が考えられる。発達障害を主対象として不登校の有無を調査したものとしては、鳥取県の全小学校および全中学校を対象とし、学習障害、注意欠陥多動性障害の児童生徒の不登校発現率を調査している。結果は、小学校では、学習障害児29人中10人（34.5％）、注意欠陥多動性障害児43人中1人（2.3％）が不登校となっていた。中学校では、学習障害児42人中25人（59.5％）、注意欠陥多動性障害児33人中13人（39.4％）が不登校となっていた。（小枝，2002）不登校を主対象として発達障害の有無をみた実態調査として、福岡県内の小学校児童130人、中学校生徒505人、高等学校128人の不登校生を対象として、発達障害の疑いのある児童生徒の有無を調査している。発達障害の疑いがある児童生徒は、小学校では21人（16.1％）、中学校で41人（7.9％）、高等学校で16人（13.3％）という結果であった。（中野，2009）
発達障害の特性により、学童期や思春期に学校不適応に陥りやすいことが、進路選択の幅を狭めていると考える。しかし、発達障害の特性による困難を抱えていた場合でも、周囲の理解や適切な支援を行うことで、再び学校に通えるようになるケースもある。無理に学校に戻そうとする働きかけではなく、その子どもに合った学びを提供することが最も重要である。